L’article L. 432-3 du code de l’environnement réprime la destruction des frayères et des zones de croissance ou d’alimentation de la faune piscicole. Ce délit est passible d’une peine de 20 000 euros d’amende.

Pour que cet article puisse être appliqué, il faut que soient identifiées d’une part les espèces de faune piscicole concernées et d’autre part les frayères ou les zones de croissance ou d’alimentation.

Il revient au préfet de département d’établir les trois inventaires suivants :

1. L’inventaire des parties de cours d'eau susceptibles d'abriter des frayères, établi à partir des caractéristiques de pente et de largeur de ces cours d'eau qui correspondent aux aires naturelles de répartition des espèces de poissons dont la reproduction est fortement dépendante de la granulométrie du fond du lit mineur d'un cours d'eau. La liste de ces espèces est arrêtée par le ministre chargé de l’environnement. 
2. L’inventaire des parties de cours d'eau ou de leurs lits majeurs dans lesquelles ont été constatées, au cours de la période des dix années précédentes, la dépose et la fixation d'œufs ou la présence d'alevins des espèces de poissons dont la reproduction est fonction d'une pluralité de facteurs. Les espèces concernées sont listées par le ministre chargé de l’environnement. 
3. L’inventaire des parties de cours d'eau où la présence des espèces de crustacés (identifiées par un arrêté du ministre chargé de l’environnement) a été constatée au cours des dix années précédentes.

L’article R. 432-1-4 du code de l’environnement précise que ces inventaires devaient être arrêtés avant le 30 juin 2012. La circulaire du 21 janvier 2009 relative aux frayères et aux zones de croissance ou d’alimentation de la faune piscicole dispose confirme qu’au plus tard « le 30 juin 2012, la publication des inventaires devra impérativement être effective ».

Une fois élaborés, les inventaires sont mis à jour au moins une fois tous les dix ans.

En Auvergne, seuls deux arrêtés inventoriant les frayères ont été pris :

- dans l’Allier (arrêté du 26 décembre 2012)

- dans le Puy-de-Dôme (arrêté du 30 mars 2015).

Les espèces de faune piscicole concernées sont  le chabot, la lamproie de planer, la lamproie de rivière, la lamproie marine, l’ombre commun, le saumon atlantique, la truite fario, la vandoise, le brochet, la grande alose (seulement dans l’Allier), l’écrevisse à pieds blancs, l’écrevisse à pieds rouges (seulement dans l’Allier).

La liste des tronçons de cours d’eau et les communes concernées ainsi que des cartes figurent en annexe des arrêtés. Ces derniers sont disponibles en téléchargement ci-dessous.