La FRANE est dirigée par un Conseil d’Administration, organe de décision dont les membres sont des bénévoles de ses associations membres, voire des adhérents individuels de la fédération.
Le CA s’appuie sur un Bureau pour la gestion des affaires et dossiers courants.
Cette équipe bénévole est renforcée par une équipe salariée actuellement constituée de :
| Elodie HAVREZ | Prune GILBERT | Cécile MARTIN |
| Coordinatrice fédérale et chargée de mécénat | Chargée de mission "Eau et Environnement" |
Chargée de mission "Projet environnement et développement durable" |
| Paul LOREAU FAURE | Xavier GARACHON | |
| Service civique "Information et sensibilisation" | Service civique "Veille environnementale" |
