La FRANE est dirigée par un Conseil d’Administration, organe de décision dont les membres sont des bénévoles de ses associations membres, voire des adhérents individuels de la fédération.
Le CA s’appuie sur un Bureau pour la gestion des affaires et dossiers courants.
Cette équipe bénévole est renforcée par une équipe salariée actuellement constituée de :
| Prune GILBERT | Cécile MARTIN | Didier PONCON |
| Chargée de mission "Eau et Environnement" |
Chargée de mission "Biodiversité et Environnement" |
Chargé du développement du réseau associatif |
| En attente de recrutement | En attente de recrutement | |
| Service civique "Information et sensibilisation" | Service civique "Veille environnementale" |
